본 연구는 부패신고자 보호제도가 2001년부터 도입되어 10여년이 지난 시점을 감안하여 부패신고자 보호제도의 정책적 효과성에 대해 공공기관의 구성원 인식을 중심으로 분석을 실시하였다.
분석결과, 첫째 부패신고자 보호제도의 운영으로 인한 효과성에 대해 전반적으로 긍정적인 인식을 보이는 것으로 나타났다. 둘째, 부패신고자 보호제도에 영향을 미치는 독립변수로 설정한 ‘보호제도의 내용인지’, ‘보호제도 인프라 구축 정도’, ‘보호제도의 정책적 기대 정도’는 종속변수인 부패신고자 보호제도의 효과성 인식에 정(+)의 영향을 미치는 것으로 나타났다. 셋째, 내부 고발을 담당하는 감사부서와 일반 부서간의 부패신고자 보호제도의 효과성 인식의 차이를 분석한 결과 감사부서 공직자가 보호제도의 효과성에 대해 낮게 인식하는 것으로 나타났다. 마지막으로 기관유형을 투입하여 분석한 결과 지방자치단체가 다른 기관 유형에 비해 보호제도의 효과성에 대해 낮은 인식을 보였으며 지방자치단체 중 기초가 광역보다 그러한 인식을 더욱 더 가지는 것으로 나타났다. 이는 기초자치단체의 경우 학연·혈연·지연과 같은 폐쇄적인 조직문화가 다른 기관에 비해 강할 수 있다는 점, 부패신고자 보호제도를 운영하는데 인력과 예산이 부족하다는 점 등이 부패신고자 보호제도의 효과성에 부정적으로 작용한 것으로 판단된다.